STT HKBP juga memiliki Program Pasca Sarjana yang terdiri dari Program Magister Teologi (S2) dan Program Doktor Teologi (S3) menghasilkan lulusan yang terampil sesuai dengan bidang studi masing-masing sehingga mampu mengkaji dan memberi jawaban teologi dalam masyarakat plural yang berubah. Seluruh program yang terdapat di Pasca Sarjana STT HKBP telah memiliki izin operasional dari Pemerintah Indonesia melalui Kementerian Agama R.I