Sekolah Tinggi Theologia HKBP berasal dari Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen. Berdasarkan keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0128/U/1975, tanggal 30 Juni 1975 status Fakultas Teologi ditetapkan dengan status Diakui. Berdasarkan keputusan BAN-PT Kemendiknas tahun 2012, Prodi S1 STT HKBP memperoleh status Akreditasi B.